Die Kathedrale von Córdoba war als Moschee erbaut worden und daher der andere Name Mezquita.
Schon als die Westgoten in das Gebiet gekommen sind, haben sie an dieser Stelle ein Gotteshaus erbaut. Die Reste dieser Kirche kann man im Museum San Vicente bestaunen. Aber noch früher war es auch den Römern und vermutlich schon den Kelten ein heiliger Ort. Heute steht dort eine christliche Kirche mit maurischen Mauern. Der Name Mezquita stammt aus der arabischen Zeit Spaniens und bedeutet übersetzt „Unseren Lieben Frau“, wie sie auch unter christlicher Herrschaft heißt. Nach der Alhambra in Granada, ist dieser Bau, mit das wichtigste und größte Gebäude aus der Zeit der Mauren.
Als im 8. Jahrhundert die Mauren nach Europa übersetzten, kauften sie das Gelände den Christen ab und zerstörten die Kirche der Märtyrer von San Vicente. Sie bauen ab 785 dieses Gotteshaus, welches man in vier Bauphasen unterteilt, die von vier Herrschern betätigt worden sind. Abderramán I. nimmt sich die Moschee in Damaskus zum Vorbild und vermengt es mit spanisch-römischer Architektur. Er nahm das Material der alten Kirche und baute au deren Grundmauern neue Bögen. Unter Abderramán II wurde die Moschee erweitert und es entsteht das Minarett im Turm der Kathedrale. Alhakén II führt die Moschee zu ihrer Prachtzeit, unter anderem mit byzantinischen Baumeistern, mit christlichen Wurzeln. Der Herrscher Almanzor erweiterte die Moschee ebenfalls, um acht Schiffe.
Im Jahr 1236 eroberte König Fernando II Córdoba, was er als christlichen Dienst darstellte. Im selben Jahr wird die erste Messe abgehalten und die Kapelle von Villacviciosa gebaut. Die große Kapelle wird 1536 von den Architekten Hernán Ruiz I bis III errichtet. Der Stil ist ein Mix aus Gotik und Barock. Der Altaraufsatz plante Alonso Matías, so auch der Chor, der die sixtinische Kapelle zum Vorbild hatte. Finalisiert wurde das christliche Gebäude erst 1607, wobei man im selben Jahrhundert das Minarett temporär entfernte.
Der Stuck der königlichen Kapelle im Stil des Mudéjar sind die Grabmäler von Fernando IV und Alfonso XI, beides Könige Spaniens. Der maurische Hofgarten wurde mit den Kreuzgängen verändert und die Palmen wurden durch Orangenbäume ersetzt. Besonders verziert sind die Portale und im Gegensatz zur Mezquita, wirkt der christliche Teil eher überladen. Die Kuppel der Moschee soll aus einem Marmorblock gehauen sein.
